ZUŠ sv. Cecílie vznikla 1. septembra 2006. Jej pôvodným zriaďovateľom bola Viceprovincia sestier Rádu sv. Bazila Veľkého na Slovensku, Albinovská 1010, Sečovce.

Od 1. septembra 2009 sa stala spolu so ZŠ Svätej Rodiny organizačnou zložkou Cirkevnej spojenej školy, Kollárova 17, Sečovce, ktorej zriaďovateľom je Gréckokatolícka eparchia Košice, Dominikánske nám. 2/A, 04343 Košice1.